O Núcleo de Pesquisas Aquáticas (NUPAq) realiza investigações científico-tecnológicas sobre os ecossistemas aquáticos (costeiro, marinhos, fluviais e lacustres), de forma interdisciplinar, permitindo conhecer o funcionamento dos mesmos, subsidiando as ações de aproveitamento de seus recursos naturais bióticos e abióticos através do desenvolvimento e aprimoramento de métodos, processos e ferramentas adequadas ao estudo desses ecossistemas.